Ещё можно было бы изначально установить node-red глобально, в тот же /usr/local/bin и не мучаться.
Хотя запускать такие вещи лучше не из start.after, а делать отдельным сервисом, чтобы не зависить от лоджикса. Вот ещё один вариант
https://gist.github.com/Belphemur/cf91100f81f2b37b3e94 - более "православный" для дебиана. Хотя и тут надо не забывать прописывать правильные пути.